西暦２３００年代、地球の植民惑星ソロ星。
伝説の無限力イデを求めて接近した異星人バッフ・クランとの偶発的な戦闘。それが不幸の始まりとなった。
混乱の中、意志を持つかのように発動する伝説の巨神イデオンと母船ソロシップ。
運命に取り込まれた人々は、やがて長い苦難の旅へと飛び立つ。
伝説の巨神はなにを人々に試すのか…
宇宙の孤児となったソロシップの運命は…

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